{"id":7557,"date":"2019-11-09T14:59:42","date_gmt":"2019-11-09T13:59:42","guid":{"rendered":"https:\/\/www.l3s.de\/?page_id=7557"},"modified":"2023-01-11T17:14:32","modified_gmt":"2023-01-11T16:14:32","slug":"streaming-for-genome-research","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/magazine\/binaire-articles\/streaming-for-genome-research\/","title":{"rendered":"Streaming f\u00fcr die Genomforschung"},"content":{"rendered":"
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Ausgabe: 02\/2019<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n

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Big Data in der Medizin<\/span><\/a>\n <\/span>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Streaming f\u00fcr die Genomforschung<\/h1>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Fast 13 Jahre hatte es gedauert, im Jahr 2003 war es dann soweit: Das menschliche Genom war entschl\u00fcsselt. Etwa drei Milliarden Dollar hat das gigantische Vorhaben verschlungen. Aber von nun war es m\u00f6glich, insbesondere Erb- und Infektionskrankheiten sowie die molekularen Mechanismen der Krebsentstehung tiefergehend zu erforschen.<\/p>\n

Durch das Aufkommen parallelisierter Sequenzierungsverfahren sind die Kosten in den letzten Jahren drastisch gesunken: Während sie für die Sequenzierung eines menschlichen Genoms im Jahr 2008 noch bei rund einer Million Dollar lagen, sanken sie bis 2017 auf nur noch 1000 Dollar. Infolgedessen werden enorme Mengen an Daten erzeugt. Bei der derzeitigen Wachstumsrate (die Menge an Sequenzierungsdaten verdoppelt sich etwa alle sieben Monate) wird erwartet, dass allein im Jahr 2025 rund ein Zettabyte – das sind eine Milliarde Terabyte – an Sequenzierungsdaten erzeugt wird.<\/p><\/p>\n

Grund genug für die Moving Picture Experts Group<\/em> (MPEG) an einem neuen Standard zur Komprimierung, Speicherung und Übertragung von Sequenzierungsdaten zu arbeiten: MPEG-G.<\/p><\/p>\n

Seit ihrer Gr\u00fcndung vor \u00fcber 30 Jahren hat MPEG bereits mehrere Generationen erfolgreicher Standards entwickelt: etwa MP3 und AAC f\u00fcr Audio- und AVC\/H.264 sowie HEVC\/H.265 f\u00fcr Videodaten. Mit MPEG-G soll die Nutzung von Sequenzierungsdaten so einfach werden wie das Streamen einer Audiodatei oder das Ansehen eines Films \u2013 und dabei alle Anforderungen an den Datenschutz f\u00fcr \u00c4rzte und Kliniken ber\u00fccksichtigen.<\/p>\n

Am L3S<\/em> und am Institut für Informationsverarbeitung <\/em>erforschen Prof. Dr. Bodo Rosenhahn, Prof. Dr. Jörn Ostermann und Jan Voges, wie Sequenzierungsdaten komprimiert, gespeichert und verarbeitet werden können und tragen zur Entwicklung des MPEG-Standards bei. Die neuen Verfahren testen die Wissenschaftler im Praxiseinsatz, zum Beispiel zur Risikobewertung des humanen respiratorischen Synzytial-Virus (RSV) – der häufigsten Ursache für akute Infektionen der unteren Atemwege bei Säuglingen. Für die Zukunft erwarten die Forscher, dass ihre Arbeiten in zahlreichen praktischen Studien und in der personalisierten Medizin zum Einsatz kommen.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n

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Vorgestellte Projekte<\/h6>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Coding of Sequencing Data<\/span><\/a>\n <\/span>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Kontakt<\/h6>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Dipl.-Ing. Jan Voges<\/h6>\n <\/div>\n <\/div>\n
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voges@tnt.uni-hannover.de<\/span><\/a>\n <\/span>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Jan Voges ist wissenschaftlicher Mitarbeiter am\u00a0L3S\u00a0. Er besch\u00e4ftigt sich mit der Anwendung der Informationstheorie im Bereich der Bioinformatik.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n

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Prof. Dr.-Ing. J\u00f6rn Ostermann<\/h6>\n <\/div>\n <\/div>\n
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oster@l3s.de<\/span><\/a>\n <\/span>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n
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Prof. Dr.-Ing. J\u00f6rn Ostermann ist Mitglied des\u00a0L3S\u00a0und leitet das\u00a0Institut f\u00fcr Informationsverarbeitung\u00a0der\u00a0Leibniz Universit\u00e4t Hannover. Er forscht auf dem Gebiet der Signalverarbeitung mit Fokus auf Video-, Sequenzierungs- und Audiodaten.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n<\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Source: edited by Priska Tosch with igv.org Issue: 02\/2019 Big Data in der Medizin Streaming for genome research It had taken almost 13 years, in 2003 the time had come: the human genome was decoded. The gigantic project swallowed up about three billion dollars. But from now on it was possible to investigate hereditary and infectious diseases […]<\/p>","protected":false},"author":7,"featured_media":7559,"parent":2750,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"page-templates\/full-width-page.php","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[],"tags":[28,87],"class_list":["post-7557","page","type-page","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","tag-binaire","tag-binaire-2019-02"],"acf":[],"aioseo_notices":[],"publishpress_future_action":{"enabled":false,"date":"2026-05-26 03:30:06","action":"category","newStatus":"draft","terms":[75],"taxonomy":"category","extraData":[]},"publishpress_future_workflow_manual_trigger":{"enabledWorkflows":[]},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/7557","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/7"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=7557"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/7557\/revisions"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2750"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media\/7559"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=7557"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=7557"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.l3s.de\/de\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=7557"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}